Emilis Zola gimė 1840 m. balandžio 2 d. Paryžiuje (Prancūzija). Kai berniukui suėjo septyneri metai, mirė jo tėvas – Francas Zola – italų kilmės inžinierius. Šeimą išlaikė motina, turėjusi pensioną.

1858 m. Emilis Zola su motina persikėlė į Paryžių, kur jaunuolis susipažino su dailininku Paul Cézanne, dariusiu jam didelę įtaką. Šiame mieste jaunuolis sukūrė pirmuosius savo kūrinius. Nepavykus įstoti į teisę, Emilis Zola, dirbo keliose firmose, o nuo 1862 m. „Hachette“ leidykloje, kur susipažino su žymiais to meto rašytojais. Tuo metu jis parašė keletą novelių ir romanų. 1865 m. Emilis Zola metė darbą ir pasišventė rašymui. Didžiausią dėmesį savo kūriniuose rašytojas skiria veikėjų vaizdavimui. Jo veikėjai – socialinės aplinkos ir kilmės veikiami žmonės, kuriems tenka patiems išsikovoti savo vietą po saule.

1898 m. sausio 13 d. Emilis Zola išspausdino atvirą laišką Prancūzijos prezidentui – „J‘accuse..!“ („Aš kaltinu“), kuriame apkaltina jį Alfredo Dreifuso įkalinimu. Dėl šio pareiškimo rašytojas buvo uždarytas į kalėjimą. Nors jam pavyko pabėgti į Jungtinę Karalystę, netrukus vėl buvo grąžintas į Prancūziją.

Emilis Zola mirė 1902 m. rugsėjo 29 d. Paryžiuje. Jo mirties priežastis – nusinuodijimas anglies monoksido dujomis. Palaidotas Paryžiaus Panteone. Žymiausias rašytojo kūrinys – dvidešimties eksperimentinių romanų ciklas „Rugonai Makarai“ (1871–1893).